Trong phim ảnh, sách vở hay các tư liệu không chuyên, ta thường lầm tưởng Ninja là những người siêu nhân, có nhiều phép thần thông. Nhưng thực chất, họ chỉ là những người chiến binh bình thường, được đào tạo huấn luyện các kỹ năng, tăng cường sức khỏe, sức chiến đấu, thuật ẩn náu... hơn hẳn những binh sĩ thường. Bên cạnh đó, họ thường hoạt động lén lút, thoắt ẩn thoắt hiện nên nhiều người siêu việt hóa hoạt động của họ.

1. Thuật phi thân: ninja thường tập luyện bằng cách nhảy qua các vật cản, từ thấp đến cao, ngày này qua ngày khác tạo nên sức bật, dẻo dai vượt trội người thường, cộng thêm các kỹ thuật bám vịn điểm tựa, ván nhảy để vượt qua các vật cản không quá cao (tường tầm thấp, mái nhà...). Từ đó, hình thành huyền thoại ninja có khả năng nhảy cao.

2. Thuật ẩn nấp: ninja thường tính toán rất kĩ địa thế, thời điểm hoạt động. Cộng với trang phục và sử dụng vật liệu hóa trang hòa nhập với môi trường, họ có thể dễ dàng ẩn nấp thích ứng tốt với các địa hình (cây cỏ, núi, nước...). Do các kỹ thuật của ninja đều không phổ biến, nên được dân gian thêm thắt thành huyền thoại ninja có thể tàng hình!

3. Thuật dùng dụng cụ hỗ trợ: do đặc thù tác chiến đặc biệt, hầu hết phải hoạt động trong khu vực được bảo vệ nghiêm ngặt của đối phương, các ninja thường phải dùng rất nhiều các công cụ để hỗ trợ việc thâm nhập. Do phải mang vác, nên hầu hết các công cụ hỗ trợ phải gọn nhẹ và hầu hết là thô sơ, đòi hỏi phải có khả năng sử dụng nhiều mục đích khác nhau và phải được tập luyện thành thục. Như các kỹ thuật, dây thừng đầu có móc sắt/móc ghim (hình dạng bàn tay) để phóng chặt vào 1 điểm cao (bằng gỗ, tường đất...) và leo lên. Kỹ năng này yêu cầu phải nhanh gọn và cũng phải được tập luyện nhiều.